บริษัท ไทยลีก จำกัด และสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ประสานกับ สมาพันธ์ฟุตบอลแห่งเอเชีย (เอเอฟซี) และได้หารือกับ สโมสรสิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด และ สโมสรราชบุรี มิตรผล เอฟซี ในการส่งชื่อเป็นทีมตัวแทนประเทศไทย ในฐานะทีมอันดับ 3 และ 4 ตามลำดับ โดยยึดตามตารางคะแนนในเลกแรก ณ วันที่ 22 ธันวาคม 2563 หลังจากสโมสรสิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด ไม่สามารถทำการแข่งขันในนัดตกค้างสุดท้ายของการแข่งขันเลกแรกได้ตามกำหนด เนื่องจากการกลับมาระบาดใหม่ของโควิด-19 ซึ่งทั้ง 2 สโมสร และเอเอฟซี ก็เห็นด้วยกับแนวทางการแก้ไขปัญหาเป็นกรณีพิเศษครั้งนี้
สืบเนื่องจากการระบาดระลอกใหม่ของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 เพื่อลดความเสี่ยงต่อการแพร่ระบาด และปฏิบัติตามคำสั่งของทางภาครัฐอย่างเคร่งครัด ในที่ประชุมสโมสรไทยลีก 1 และ 2 จึงมีมติให้เลื่อนโปรแกรมการแข่งขันรายการ “โตโยต้า ไทยลีก”, “เอ็ม-150 แชมเปี้ยนชิพ” และ “ช้าง เอฟเอ คัพ” ตั้งแต่วันที่ 5 มกราคม ถึง วันที่ 31 มกราคม 2564 ออกไปก่อนนั้น
ทางบริษัท ไทยลีก จำกัด ได้ตระหนักถึงผลกระทบจากการเลื่อนวันแข่งขันที่กล่าวไว้ข้างต้น ซึ่งรวมถึงโปรแกรมนัดตกค้าง ของการแข่งขันนัดสุดท้ายเลกแรก ระหว่าง สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด และ การท่าเรือ เอฟซี ที่มีกำหนดแข่งขันเดิมในวันที่ 5 มกราคม 2564 แต่จำเป็นต้องมีการเลื่อนออกไป ด้วยเหตุนี้ ทำให้ไม่สามารถยืนยันสโมสรอันดับที่ 3 และ 4 ให้กับสมาพันธ์ฟุตบอลแห่งเอเชีย ตามกำหนดการเดิมได้
ไทยลีก จึงได้ประสานกับสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เพื่อขอความเห็นจากเอเอฟซี ในประเด็นดังกล่าว ซึ่งทางเอเอฟซีเข้าใจถึงข้อจำกัด อีกทั้งยังได้หารือกับ สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด และ ราชบุรี มิตรผล เอฟซี ซึ่งทั้ง 2 สโมสรก็เห็นชอบ จนได้ข้อสรุปร่วมกันว่า ให้สามารถใช้ตารางคะแนน ณ วันที่ 22 ธันวาคม 2563 อันเป็นตารางคะแนนก่อนเริ่มการแข่งขันเลกที่สอง ในการยืนยันสโมสรตัวแทนประเทศไทยในลำดับที่ 3 และ 4 ในการเข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก ฤดูกาล 2021 เนื่องจากสมาพันธ์ฯ จำเป็นต้องยืนยันตัวแทนและลำดับสโมสรของแต่ละประเทศ ก่อนการจับสลากรอบแบ่งกลุ่มซึ่งจะจัดขึ้นในวันที่ 27 มกราคม 2564 อีกทั้งยังไม่มีความแน่ชัดจากสถานการณ์การแพร่ระบาด ณ ปัจจุบัน ว่าการแข่งขันนัดตกค้างดังกล่าว จะสามารถแข่งขันได้เมื่อใด
ทำให้ ตามตารางคะแนน ณ วันดังกล่าว สโมสรสิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด ซึ่งมี 26 คะแนน จากการแข่งขัน 14 นัด และลูกได้เสีย +9 จะได้สิทธิ์ในการเป็นตัวแทนประเทศไทยในลำดับที่ 3 ส่วน ราชบุรี มิตรผล เอฟซี ซึ่งมี 26 คะแนนจากการแข่งขัน 15 นัด และลูกได้เสีย +4 จะได้สิทธิ์ในการเป็นตัวแทนประเทศไทยในลำดับที่ 4 โดยเอเอฟซีจะมีการยืนยันโปรแกรมการแข่งขัน รวมถึงรอบต่างๆ ที่ทั้ง 2 ทีมจะได้ลงทำการแข่งขันอีกครั้งในอนาคต